A játék története egészen újszerű, és rendkívül kidolgozott. A történetnek két fő vonala van, és nagyon érdekes, ahogy ezek egymásra épülnek. Az egyik történet lényege az, hogy egy Shinra nevű vállalat a bolygó energiáját használja fel erőforrásként, ami a bolygó lassú elpusztulásához vezet. Az emberek persze, ahogy a valóságban is, nem törődnek a veszéllyel addig, amíg már nincs késő. Egy Barret nevű ember vezetésével egy terroristacsoport, az Avalanche igyekszik megállítani a folyamatot, jobb eszköz híján azzal, hogy megsemmisíti a reaktorokat. A Shinra fő célja a Promised Land felkutatása, amiről úgy hiszik, hogy mesés hatalmat biztosít nekik. A csapat és a Shinra a játék során folyamatosan akadályozzák egymást, még akkor is, amikor a közös ellenfél sokkal veszélyesebb már.

A másik szálnak egy Cloud nevű ember áll a középpontjában. Ő is belép az Avalanche-be mint zsoldos, de nem igazán törődik semmivel, amíg meg nem tudja, hogy a legendás Sephiroth visszatért. Ezek után mintha kicserélték volna, elszántan az ellenség nyomába ered. Ennek az oka a múltban keresendő, amire azonban még ő maga sem emlékszik. Akkor még Sephiroth-al egy oldalon álltak, de aztán egy tragikus felfedezés hatására Sephiroth ámokfutásba kezdett. Most, öt év után visszatért, és ezzel mind a Shinra, mind a jók keresni kezdték, más-más céllal.

A játék érdekességét egy rejtélyes lény adja. Ő Jenova. Eleinte nem tulajdonít neki túl nagy tulajdonságot a játékos, de végül szép lassan kiderül, hogy minden szerencsétlenségnek ő a forrása. Persze mire minden világossá válik, addig egy izgalmas, hol drámai, hol kedves és szórakoztató történetet élvezhetünk végig.