"One to be born from a dragon
hoisting the light and the dark
arises high up in the sky to the still land.
veiling the moon with the light of eternity
it brings another promise to mother earth
with a bounty and mercy."

A játék kezdetén azt láthatjuk, hogy a Red Wings flottája Cecil vezetésével leszáll Mysidia városába, és erőszakkal elveszik a Water Crystal-t. Cecil-nek azonban kétségei támadnak, vajon helyes e védtelen embereket megtámadni és kirabolni, ám mindig azzal nyugtatja magát, hogy királyának biztos megvan az oka arra, amit tesz (a Cecil név 'vak'-ot jelent). Azonban amikor akarata ellenére elszállít egy gyűrűt, ami mint utólag kiderült arra kellett, hogy egy falu lakosságát elpusztítsa, rá kell eszmélnie, hogy tévedett, és hazája ellen fordul.

Később kiderül, hogy egy Golbez nevű személy lett az utódja, és ő volt az, aki a királyt a befolyása alá vette. Cecil és barátai elindulnak, hogy megakadályozzák, hogy Golbez megszerezze mind a négy kristályt, ám még azt sem sejtik, hogy miért van szüksége rájuk.

A történet során láthatunk árulást, önfeláldozást, hazugságot, megbánást, bosszúvágyat, és mindenről kiderül, hogy nem az, aminek először látszott; bizony sokkal messzebb kell menniük, hogy rájöjjenek, milyen célok vezérlik a gonoszt. A játék fő motívuma a fény és a sötétség harca, de nem csak monumentális értelemben, hanem a szereplők lelkében is, főleg Cecil-ben, Kain-ben és magában Golbez-ben is.

Első ránézésre a játék úgy nézhet ki, hogy egy teljesen sablonos történettel állunk szemben, de ha jobban megfigyeljük a történéseket, akkor meglátjuk, hogy milyen zseniális munkát végeztek az alkotók.