A történet fő alapja itt is a 4 elemi kristály (Tűz, Víz, Szél, Föld) jelentőségére épűl, mint a korábbi részekben. Ez a 4 kristály tartja életben az életet a Földön, ezek nélkül nem létezne semmi, de csak ha egy kristálynak is bármi baja esne, akkor a kristály által képviselt elementál eltünne a Föld színéről. A játék főhőseinek ezzel a problémával kell szembenézniük, ugyanis a kristályok veszélybe kerűlnek, a játék azzal kezdődik, hogy a Szél Kristály egy gonosz erő hatására megsemmisűl és ezzel a szél teljesen megszűník. A kristály széttörésével egyidőben egy meteor is becsapódik a Földre, a helyszínre siető Bartz egy lányon (Reina) kívűl még egy öreg embert (Galuf) talál a helyszínen, ám ő nem emlékszik a nevén kívűl semmire. Így a csapat részben már összeáll, sőt nemsokára egy Faris nevezetű kalóz is beáll a csapatba, ezzel a létszám 4 tagra bővűl.

Így indulnak el a Szél Szentélybe, hogy megtudják mi történt a széllel és mi történt Reina apjával, aki szintén oda ment, de még nem tért vissza.

És hogy sikerűl e megakadályozni a főhőseinknek a többi kristály széttörését, és ezzel együtt a gondosz kiszabadulását? Erre a kérdésre a választ csak a történetből tudhatod meg.